De acuerdo con Willard King, entre junio de 1596 y abril de 1600, Alarcón “hizo satisfactoriamente, en la Universidad de México, los cinco cursos de derecho canónico que se exigían para el grado de bachiller en cánones, como también algunos cursos de derecho civil.”  La Universidad se encontraba alojada en esos años en un hermoso edificio (ahora destruido) del lado oriental de la Plaza Mayor, al sur del Palacio de los Virreyes, con una fachada que daba a otra amplia plaza, la del Volador.

Pero no se graduó en México, sino que, aprovechando un acuerdo vigente desde hacía mucho, en virtud del cual las universidades de Salamanca y de México se revalidaban mutuamente los cursos aprobados en ellas, salió de la Nueva España y se embarcó rumbo a la península a fines de la primavera de 1600.

Alarcón volvió a México en 1608, después de estudiar en Salamanca y ejercer la abogacía en Sevilla (p. 70). Aunque había aprobado todos los cursos requeridos, no había recibido en Salamanca su grado de licenciado en derecho, seguramente porque los gastos de la ceremonia de graduación estaban por encima de sus posibilidades. En México, cuya Universidad revalidad todo lo hecho en Salamanca, la ceremonia pudo haber sido menos costosa y, en todo caso, el candidato tenía amigos capaces de ayudarle con los gastos o de concederle algunas dispensas. Así pues, el 5 de febrero de 1609, después de inscribirse como “pasante” en la facultad de Derecho, presentó Alarcón el certificado de sus estudios salmantinos y solicitó examen para la licenciatura. El 8 de febrero dio comienzo la serie de actos que culminaría el 21 de febrero.  Ese 8 de febrero expuso “por espacio de una hora” su tesis (sobre la emancipación temporal de esclavos y sobre los efectos legales de ciertas cláusulas testamentarias) y contestó a las réplicas que le hicieron un doctor y dos bachilleres en Derecho. Entre los asistentes al acto estaban el arzobispo, fray García Guerra, el rector de la Universidad, doctor Alonso de Villanueva Alarcón (hijo del oidor Luis de Villanueva, viejo amigo de la familia), el decano de la facultad de Derecho, y el doctor Juan de Salcedo, maestrescuela de la Universidad. Ocho doctores en Derecho integraban el tribunal. El día 18 presentó testimonio sobre su práctica cómo abogado en Sevilla; el 19 se le asignaron los textos que debía comentar en su segundo examen, el cual se efectuó el 20 de febrero a las seis de la tarde, en la catedral. La exposición del graduando dejó satisfechos a los veintiún sinodales y, por unanimidad de votos se le otorgó el grado. Finalmente, el día 21 en la catedral, frente a la sacristía mayor, le maestrescuela “creó” a  Alarcón licenciado in utroque iure ante un grupo de personajes distinguidos.

Un licenciado en Derecho tenía la opción de recibir el doctorado después de sufrir un nuevo examen oral y público. El 12 de marzo de 1609, Alarcón solicitó y obtuvo permiso del claustro en pleno para doctorarse en Derecho canónico y civil “sin pompa” (o sea, sin el costoso ceremonial de costumbre) por ser tiempo de Cuaresma, y además, a causa de su pobreza. Pero nunca recibió el grado de doctor, a pesar de que vivió en México durante otros cuatro años. Esta abstención, cuyas causas se ignoran, es bastante extraña, pues lo que faltaba por hacer era muy poco; el problema de los gastos estaba resuelto; el doctorado le hubiera ayudado a conseguir la cátedra universitaria que comenzó a solicitar en ese mismo año de 1609, y , desde luego, hubiera añadido lustre a su curriculum vitae.